Instansi Pemerintah mendaftarkan diri untuk memperoleh NPWP paling lama sebelum melakukan pemotongan dan/atau pemungutan pajak. Permohonan diajukan secara elektronik atau tertulis (secara langsung; melalui pos atau perusahaan jasa ekspedisi atau jasa kurir dengan bukti pengiriman surat), serta dilampiri dengan dokumen yang disyaratkan.

Permohonan pendaftaran NPWP paling lama 1 (satu) hari kerja setelah permohonan diterima secara lengkap. Kepala KPP atau KP2KP dapat menerbitkan NPWP secara jabatan melalui pemeriksaan atau hasil penelitian administrasi sesuai data dan/atau informasi.

Pengusaha Kena Pajak (PKP) adalah pengusaha (dalam hal ini instansi pemerintah) yang melakukan penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau penyerahan Jasa Kena Pajak yang dikenai pajak berdasarkan Undang-Undang Pajak Pertambahan Nilai Barang dan Jasa dan Pajak Penjualan atas Barang Mewah.

Permohonan pengukuhan PKP oleh Instansi Pemerintah disampaikan secara elektronik atau tertulis (secara langsung; melalui pos atau perusahaan jasa ekspedisi atau jasa kurir dengan bukti pengiriman surat), serta dilampiri dengan dokumen yang disyaratkan.

Kepala KPP atau KP2KP meneliti pemenuhan kelengkapan dan kesesuaian dokumen, memberikan keputusan berupa: menerima atau menolak. Keputusan diberikan paling lama 1 (satu) hari kerja terhitung setelah permohonan diterima lengkap.

1. perubahan identitas Instansi Pemerintah;
2. perubahan alamat tempat kedudukan Instansi Pemerintah yang masih dalam wilayah kerja KPP yang sama;
3. perubahan Kepala Instansi Pemerintah dan/atau pejabat bendahara; atau
4. kesalahan tulis data Instansi Pemerintah pada administrasi Direktorat Jenderal Pajak.

Instansi Pemerintah dapat melakukan pemindahan tempat Instansi Pemerintah terdaftar, karena tempat kedudukan menurut keadaan yang sebenarnya pindah ke wilayah kerja KPP lain.

Instansi Pemerintah dapat mengajukan penetapan sebagai Wajib Pajak Non-Efektif, karena tidak memenuhi persyaratan sebagai pemotong dan/atau pemungut pajak namun belum dilakukan penghapusan NPWP.

Direktur Jenderal Pajak atau pejabat yang ditunjuk oleh Direktur Jenderal Pajak memberitahukan persetujuan penetapan Instansi Pemerintah sebagai Wajib Pajak Non-Efektif atau penolakan permohonan Instansi Pemerintah sebagai Wajib Pajak Non-Efektif kepada Instansi Pemerintah yang bersangkutan.

Instansi Pemerintah dapat mengajukan penghapusan NPWP terhadap Instansi Pemerintah yang sudah tidak memenuhi persyaratan sebagai pemotong dan/atau pemungut pajak sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perpajakan. Permohonan penghapusan NPWP disampaikan kepada: KPP atau KP2KP.

Permohonan penghapusan NPWP disampaikan oleh penanggung jawab proses likuidasi Instansi Pemerintah dan dilampiri dengan laporan keuangan, sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang mengatur mengenai pelaksanaan likuidasi entitas akuntansi dan akuntansi pelaporan pada kementerian negara/lembaga.

Kepala KPP menerbitkan keputusan atas permohonan tersebut paling lama 6 (enam) bulan sejak tanggal permohonan Instansi Pemerintah diterima secara lengkap. Apabila jangka waktu terlampaui dan Kepala KPP tidak menerbitkan keputusan, permohonan Wajib Pajak dianggap dikabulkan dan Kepala KPP menerbitkan surat keputusan penghapusan NPWP paling lama 1 (satu) bulan setelah jangka waktu berakhir.

Instansi Pemerintah dapat mengajukan Pencabutan Pengukuhan Pengusaha Kena Pajak terhadap Instansi Pemerintah yang tidak lagi memenuhi kriteria sebagai PKP Instansi Pemerintah. Permohonan pencabutan pengukuhan PKP Instansi Pemerintah disampaikan kepada: KPP atau KP2KP.

Pencabutan pengukuhan PKP Instansi Pemerintah berdasarkan permohonan PKP Instansi Pemerintah dilakukan berdasarkan hasil Pemeriksaan. Kepala KPP menerbitkan keputusan atas permohonan tersebut dalam jangka waktu 6 (enam) bulan sejak tanggal permohonan PKP Instansi Pemerintah diterima secara lengkap. Apabila jangka waktu telah terlampaui dan Kepala KPP tidak menerbitkan keputusan, permohonan PKP Instansi Pemerintah dianggap dikabulkan dan Kepala KPP menerbitkan surat keputusan pencabutan pengukuhan PKP Instansi Pemerintah dalam jangka waktu paling lama 1 (satu) bulan setelah jangka waktu berakhir.